Hypothalamus Gland हमारे मस्तिष्क की अत्यंत महत्वपूर्ण ग्रंथि है। मस्तिष्क के अन्य हिस्सों की तुलना में Hypothalamus सबसे छोटा और अधिक बुद्धिमान है। यह मस्तिष्क के अग्र भाग का वह हिस्सा है, जिसे तीसरी आँख भी कह सकते है। भूख-प्यास, हर प्रकार की भावनाओं, शरीर के तापमान, pituitary gland और nervous system पर इसका बराबर नियंत्रण रहता है। हमारे विचारो की स्थिरता और अस्थिरता का Hypothalamus Gland से सीधा सम्बन्ध है।

जब विचारो की चंचलता बढती है तो Hypothalamus की सक्रियता भी बढ़ जाती है और जब विचार स्थिर होते है तो इस ग्रंथि का संतुलन भी बेहतर होता है। हालाँकि हाइपोथेलामस भावनाओं को नियंत्रित करने वाला केंद्र है, लेकिन भावनात्मक विकास केवल ध्यान से ही हो सकता है। ध्यान से एकदम सही रासायनिक परिवर्तन होते है और उनसे रोग मिटते है। शरीर की सभी ज्ञानेन्द्रियो का हमारे nervous system से गहरा सम्बन्ध है। बाहरी जगत की संवेदनाये ज्ञानेन्द्रियो के माध्यम से चित को चंचल बना रही है और चित्त की चंचलता nervous system को चंचल बना रही है। चित्त की चंचलता न हो तो nervous system की चंचलता भी नहीं रहेगी। चित्त के टिकने से श्वास की गति मंद हो जाती है और श्वास के संयम से नाड़ियों की चंचलता भी अपने आप कम हो जाती है। यह एक सुव्यवस्थित प्रक्रिया है। यही ध्यान का चमत्कार है।